チラシの裏の落書き日記

統計とか,研究とか,日常についての備忘録的なもの。

MplusのMCMCサンプルをGetする方法(+Mplusの結果をRでプロットする方法)その1

気が向いたらStanやJAGSなどとの対応関係をきちんと取りならが検算を行っていきたい。 MCMCサンプルは「.gh5」ファイルに入っているので,これを読み込む。以下の資料のp.65あたりの「mplus.get.bayesian.」を利用すると,ギブスサンプラーのMCMCサンプルが…

よく必要になるけど,よく忘れるR(とExcel)の小技メモ

R

文字(数字)の桁数を揃えたい。 参考URL: http://d.hatena.ne.jp/teramonagi/20100902/1283429021 formatC("hoge", widh = 5, flag="0")flagは '0 + - #' だけが指定可能とのこと。 不要な空白を消したい。 # いらない空白を全て削除する # 全角半角の指定…

Mplusでターゲット行列を指定した回転を行う方法

Analysisコマンドで,rotation = targetを指定し, modelコマンド内で目標とする値を~で指定する。 また,各因子の最後の(*t)などとつけて,各因子負荷が1つの因子負荷行列で表すことができることを示さないといけない。 Mplusのマニュアルは,versin 8のp68…

Wordの小技(大文字小文字の変換,テキストボックス内の文字列の検索)

Wordで便利な小技を見つけた。 どちらも,「高度な検索と置換」を使う。 特に,ワイルドカードと,検索対象を指定するのがポイント。 「[0-9]」で検索を行うと,大文字の数字が選択される。その上で,「A->a」で「半角」を選択すればOK。テキストボックス…

平均値の信頼区間のシミュレーションプロット

R

Rで,信頼区間を書いていいプロットするコードのメモ。 layout関数で,上手くプット画面を分割して,さも1枚のグラフかのように見せかけるのがポイント。 けっこう可愛い感じのグラフを描画できる。 # # 縦向きの,信頼区間の図。 # ポイントは,レイアウト…

日々淡々と進むこと

最近思うこととしては、とにかく毎日進み続けることが何よりも大切。 ルーチンワークでやらなくてはならない雑務も多く、体力や気力も削られるかもしれないが、その中でも研究をし続け、論文をなんとしても書き続ける必要がある。 書き続けていれば、書くこ…

Mplusによるモンテカルロ・シミュレーション覚書2

今回は前回紹介しなかったコマンドなどについて,紹介する。しかしあまり気合が入っていないのでグダグダな感じになっている。 SCALE OF DEPENDENT VARIABLES FOR ANALYSIS OPTIONS FOR DATA ANALYSIS CLASSES AUXILIARY SURVIVAL VARIABLES WITH SPECIAL FU…

Mplusのモンテカルロ・シミュレーションコマンド覚書1

「MONTECARLO:」コマンドを使った場合に一緒に利用するコマンド・オプションの一部を一覧にしておく。 GENERAL SPECIFICATIONS DATA GENERATION CUTPOINTS GENCLASSES NCSIZES CSIZES HAZARDC MISSING DATA GENERATION 次の記事で紹介する予定? GENERAL SPE…

Mplusによるモンテカルロ・シミュレーションその2

Mplusを使ったモンテカルロ・シミューレーションを実行する際に使えるコマンドを,マニュアルに沿って紹介する。 Missing 単純なランダムな欠測 MAR カテゴリカル潜在変数 マルチレベル 探索的因子分析 実際のデータの利用 マニュアルの例では生存時間解析の…

Mplusによるモンテカルロ・シミュレーション入門

潜在変数モデルを統合的に扱うことができる統計分析ソフトであるMplus(https://www.statmodel.com/)はかなり広範な分析を実行可能である。 基本的な使い方については,インターネット上に多くの例が示されている。 例えば,以下の清水先生のサイトなどに日本…

考えることのヒント

適切な思考を展開するために、いくつか必要となる要素が存在する。それは、言葉の定義、前提、根拠だと思われる。 まず、言葉の定義を明確にすること。これにより、用語の境界を明確にできる。言葉を定義しないと、主題のズレや言葉の用法のズレに気がつくこ…

HHKBをWindowsで使用するときにMac風のキーバインドにする

以下のページから引用qiita.com ポイントは次の部分: ”Google日本語入力のプロパティを開き、「一般」タブの「キー設定」に「キー設定の洗濯」という項目があると思います。ここで「MS-IME」を洗濯した上で横の「編集」ボタンを押します。この中の「モード:…

Wordめも(1)

1ページあたりの設定について。 1行の文字数,1ページあたりの行数の競って地には,形式→文書のレイアウトから設定すること。後ほど追記すること。スタイルは使わないとシヌ。

最高の初期値職人を目指して

潜在クラス分析(有限混合モデル)やら,k-meansとかいろいろと初期値に依存する分析するがある。また,Latent variableモデリングではEMアルゴリズムを使った最尤推定を行うことが多いが,複雑なモデルになるほど解が収束しないこともしばしばある。 とくに…

研究について思うこと。

「研究とは何か」ということについて。研究とはどんなゲームか。 分野にとって解く事ができる,価値のある重要な問題に効率的に解を与えるゲーム。 人を納得させればよい ゴールの見極めが大事。 報告はフォーマットに則って行う。 ルールをキチンと理解する…

list操作めも

R

Rのリスト操作について改めてまとめる。 特に,purrrなどを用いた操作を理解すること。purrrの使い方についてのページ purrr: ループ処理やapply系関数の決定版 - Heavy Watal Hadley神のListについてのページ Lists · R for Data Scienceforループ的なlappl…

Rの関数のソースコードなど見たいときの方法

R

一番有名な,関数名をタイプするものでは見れないものについて。 あまり日本語の記事が無いようなきがしたので,メモを残してておく。 library("Matrix") Matrix # Matrix関数の中にある謎の関数。このままだとエラーが返ってくる。 spV2M # コロン3つなの…

MplusでMCMCした結果を使ったSEMでの情報仮説の評価

ちょっと気になったので,近年一部界隈で話題になっているベイズ情報仮説の評価をやってみる。 普通に計算すると大変なベイズファクターも,情報仮説の元では簡単に計算できる。元ネタは以下の資料 http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/17405629.201…

Lavaanによるパラメータ推定結果を見やすくグラフにする。(Gelman's secret weaponのパクリ)

R

尊敬するHoxo_mさんらが翻訳された”みんなのR”にあるGelman's secret weaponを真似して自分の武器を作成してみようかと思う。 d.hatena.ne.jp https://www.amazon.co.jp/みんなのR-データ分析と統計解析の新しい教科書-Jared-P-Lander-ebook/dp/B012Z86Q6Qや…

RからJuliaを使う

Rから今流行のスクリプト言語Juliaを使いたい。 普通にJuliaにパスを通してRのsystem関数を使えばいいのだけれど,パスを通さずにRで下のような関数を書いて作業をする。jlfileにはJuliコードを書いた拡張子.jlであるファイル名を入れる。jlfilepathは作業フ…

Mplusで潜在クラス分析を行うときのめも

このノートの荒っぽいまとめ。 https://www.statmodel.com/examples/webnotes/webnote14.pdf3ステップで潜在クラスの数を決める。 最適な対数尤度探し optseedとtech 11の挿入 optseedとtech 14の挿入 ブートストラップ尤度比検定を行うには結構時間がかか…

Mplusメモ

Mplusはミクスチャーモデルの分析もらくらくできるし,計算も結構速い。しかし,人間業が深いもので,もっと早く分析して欲しい,なんていう欲望が出てくる。 そんな時はamalysisコマンドの中にprocessors = 4;などと記述すると,複数コアで計算を回してくれ…

jagsUIなるパッケージ

R

MCMCサンプラーのうちの1つであるJAGSをRから利用する新しいパッケージができたようだ。基本はrjagsのラッパーのようだが,並列計算の指定などがやりやすそうだ。今後,これを中心に使っていくかもしれないのでヘルプにあった例をコピペしておく。初期値の指…

学会に行く意味?

学会に行く意味とはなんだろうか。今回はこのことに関して自分にとって何が良いことなのか考えてみる。 まず,第1に締め切りがあることによる効果が挙げられる。締め切りがあることによって,適当なところで研究をまとめなければならない。コレによって,1つ…

趣味を始める

いきなり新しい趣味を始めたくなった。昔から見るのが好きだったジャグリングをやろうと思う。一番基本的なボールというやつから手をつける。3つのボールを小気味良くポコポコと投げ続けられるようになりたいものだ。 ネットでやり方を調べてみたり,youtube…

文章を書く上で気をつけること

自分で文章を書くときにやりがちなことをまとめておく。文章を書くのは苦手なので,注意点をキチンと書いてみる。この文章の目的は,自分にとっての現在把握している気をつけるべき点を明確にし,書き残すことで自分の作文能力を向上させるための資料を作成…

Mplusのメモ

Mplusは潜在変数モデリングに適した解析ソフトで,心理学,社会学,疫学などの分野で近年人気が出ているソフトウェアである。ホームページは次のものがある。 Muthén & Muthén, Mplus Home Pageこのソフトは非常に便利で,文法も簡潔なのであるが,文法が特…

lmerでの3レベルモデルの実行

3レベルの階層線形を行う時のlmerのメモ学校のなかに,個人がネストされていて,個人の中に測定時点がネストされている場合。学校IDをschool_id, 個人IDがind_id,あとは独立変数をx, 従属変数をyとする。簡単のため,中心化は行われているとして,レベル2以…

今日のできごとなど

今日やったこと 某ポスター作成 発表資料の作成 MCMCの観察 なす購入 1.2.については直前に再度確認を行うこと。3. について,バーンインは結構早い。サンプリングがえらく時間がかかる。いらないパラメータはサンプリングしないでいたほうがいいか? 欲しい…

Rの使いかたメモ(purrrの使いかたについて)

最近読んだ良記事 最近のRの界隈で流行っている(気がする)purrrパッケージの使いかたについて。 よく参照させてもらうので,とりあえずまとめておく。sinhrks.hatenablog.com sinhrks.hatenablog.com uribo.hatenablog.com {purrr} による非テーブルデータ…